Η πρώτη συμμετοχή του Παναθηναϊκού στο Champions League έγινε τη σεζόν 1995-1996. Μάλιστα, εκείνη τη σεζόν οι ''πράσινοι'' πραγματοποίησαν εκπληκτική πορεία, φτάνοντας μέχρι τα ημιτελικά της διοργάνωσης, όπου αποκλείστηκαν από τον Άγιαξ. Αξέχαστο έχει μείνει το γκολ του Κριστόφ Βαζέχα μετά την κούρσα του Γιώργου Δώνη στο 0-1 του Παναθηναϊκού στο Άμστερνταμ. Η ελληνική ομάδα τα πήγε εξαιρετικά και τη σεζόν 2001-2002, όταν έφτασε μέχρι τα προημιτελικά και αποκλείστηκε στις λεπτομέρειες από την Μπαρτσελόνα. Από εκεί και πέρα, ακολούθησαν παρουσίες σε ομίλους και μία πρόκριση στη φάση των ''16'', τη σεζόν 2008-2009. Ο Παναθηναϊκός είχε καταλάβει την πρώτη θέση του ομίλου του με σπουδαίες εκτός έδρας νίκες επί της Ίντερ και της Βέρντερ Βρέμης. Τη σεζόν 2015-2016 ο Παναθηναϊκός αγωνίστηκε στον 3ο προκριματικό γύρο του Champions League. Αυτή είναι και η πιο πρόσφατη συμμετοχή του "τριφυλλιού" στον θεσμό.

Στο βίντεο θα θυμηθούμε τα καλύτερα γκολ του Παναθηναϊκού στο Champions League. Περιλαμβάνονται και γκολ από προκριματικές φάσεις. Τα 26 συνολικά γκολ είναι τα εξής:

1) Δημήτρης Μάρκος Πόρτο - Παναθηναϊκός 0-1 Φάση Ομίλων 18/10/1995
2) Γιώργος Γεωργιάδης Παναθηναϊκός - Άαλμποργκ 2-0 Φάση Ομίλων 22/11/1995
3) Χουάν Χοσέ Μπορέλι Παναθηναϊκός - Λέγκια Βαρσοβίας 3-0 Προημιτελικά 20/03/1996
4) Κριστόφ Βαζέχα Άγιαξ - Παναθηναϊκός 0-1 Ημιτελικά 03/04/1996
5) Κριστόφ Βαζέχα Παναθηναϊκός - Ρόζενμποργκ 1-0 Προκριματικός 07/08/1996
6) Τάκης Φύσσας Πολόνια Βαρσοβίας - Παναθηναϊκός 2-2 3ος Προκριματικός 09/08/2000
7) Γιάννης Γκούμας Γιουβέντους - Παναθηναϊκός 2-1 Α' Φάση Ομίλων 19/09/2000
8) Πάουλο Σόουζα Παναθηναϊκός - Γιουβέντους 3-1 Α' Φάση Ομίλων 08/11/2000
9) Γιώργος Καραγκούνης Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ - Παναθηναϊκός 3-1 Β' Φάση Ομίλων 21/11/2000
10) Γιούρκας Σεϊταρίδης Παναθηναϊκός - Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ 1-1 Β' Φάση Ομίλων 07/03/2001
11) Γκόραν Βλάοβιτς Σάλκε - Παναθηναϊκός 0-2 Α' Φάση Ομίλων 11/09/2001
12) Γκόραν Βλάοβιτς Παναθηναϊκός - Μαγιόρκα 2-0 Α' Φάση Ομίλων 19/09/2001
13) Γιώργος Καραγκούνης Παναθηναϊκός - Άρσεναλ 1-0 Α' Φάση Ομίλων 26/09/2001
14) Νίκος Λυμπερόπουλος Παναθηναϊκός - Ρεάλ Μαδρίτης 2-2 Β' Φάση Ομίλων 20/03/2002
15) Μιχάλης Κωνσταντίνου Μπαρτσελόνα - Παναθηναϊκός 3-1 Προημιτελικά 09/04/2002
16) Μιχάλης Κωνσταντίνου Παναθηναϊκός - Στουτγκάρδη 1-3 Φάση Ομίλων 04/11/2003
17) Άγγελος Μπασινάς Ρέιντζερς - Παναθηναϊκός 1-3 Φάση Ομίλων 09/12/2003
18) Έκι Γκονζάλες Παναθηναϊκός - Ρόζενμποργκ 2-1 Φάση Ομίλων 14/09/2004
19) Έκι Γκονζάλες Παναθηναϊκός - Ρόζενμποργκ 2-1 Φάση Ομίλων 14/09/2004
20) Έκι Γκονζάλες Παναθηναϊκός - Άρσεναλ 2-2 Φάση Ομίλων 20/10/2004
21) Γιώργος Καραγκούνης Βέρντερ Βρέμης - Παναθηναϊκός 0-3 Φάση Ομίλων 04/11/2008
22) Γιώργος Καραγκούνης Βιγιαρεάλ - Παναθηναϊκός 1-1 Φάση των ''16'' 25/02/2009
23) Σεμπαστιάν Λέτο Παναθηναϊκός - Ατλέτικο Μαδρίτης 2-3 Playoffs 19/08/2009
24) Σίντνεϊ Γκοβού Μπαρτσελόνα - Παναθηναϊκός 5-1 Φάση Ομίλων 14/09/2010
25) Ζαν Αλέν Μπουμσόνγκ Μάδεργουελ - Παναθηναϊκός 0-2 3ος Προκριματικός 31/07/2012
26) Λάζαρος Χριστοδουλόπουλος Παναθηναϊκός - Μάδεργουελ 3-0 3ος Προκριματικός 08/08/2012